신혼합체 고단나 서기 2042년, 지구는 지상에 갑자기 나타난 미지의 거대생물 "의태수"와 세계각국에서 개발한 거대로봇들의 싸움이 펼쳐지고 있었다.일본의 슈퍼로봇 "고단나"의 파일럿 사루와타리 고오(猿渡 ゴオ)는 후일 "거신전쟁"이라 불리는 보스의태수와의 결전에서 파트너이자 연인인 미라 애커맨을 잃고 만다. 하지만 고오는 그 대신 한명의 소녀의 목숨을 구했다. 그 소녀의 이름은 아오이 안나운좋게도 인류는 싸움에서 이겼고, 5년의 세월이 흘렀다. 그러나 세계각지에서는 아직도 의태수의 아종이 살아 남아 있었으며, 슈퍼로봇들의 싸움은 이어졌다.…